冬蟲夏草保存環境的溫度不能高，在常溫和高溫環境下，冬蟲夏草有效成分的分解速度會大大加快，少量冬蟲夏草可全部放入冰箱冷藏層（保鮮層）保存，冷藏溫度以2～5度為宜，如冬蟲夏草的數量較多（100克以上），巍珍源冬蟲夏草（蟲草產地直銷網）掌柜建議大家可以這樣做：則應分成兩份，一份數量較少（30～50克即可）放入冰箱冷藏層保存，以備冬蟲夏草在每次服用時由冷藏層中取出，余下為數量較多的一分則放入冰箱冷凍層（又稱深凍層或速凍層，不是變溫層）保存。

冬蟲夏草保存期間不能受潮，如果吸收了一定量的水蒸氣，會使有效成分的流失速度加快，藥效明顯降低，因此冬蟲夏草在保存時要密封嚴實。

冬蟲夏草在保存期間，要盡量減少開啟的次數，因為冷藏或冷凍的冬蟲夏草在開啟后會與外界空氣接觸，溫度會迅速上升，頻繁開啟會使冬蟲夏草與外界空氣頻繁接觸，溫度頻繁變化，也容易吸收空氣中的水蒸氣，不利于維持冬蟲夏草有效成分的穩定；如果要每日開啟服用，的辦法是從全部冬蟲夏草中分出少量作為另一份存放于冷藏中，以備每次服用時隨時取出，當隨用隨取的這份用完了，再照此法分出少量冷藏保存。